东海水产研究所创建于1958年10月,是面向东海的国家三大海区综合性渔业研究机构之一，现隶属于农业部中国水产科学研究院。建所伊始，定名为中国科学院上海水产研究所。1963年划归水产部,更名为东海水产研究所。以后，隶属关系几经变更，自1982年10月起，由中国水产科学研究院领导，改名为中国水产科学研究院东海水产研究所。

　　全所现有科技人员150余人，研究员10人、副研究员34人；博士生导师1人、硕士生导师10人；国家新世纪百千万人才工程国家级人选1人、中国水产科学研究院首席科学家3人；农业部有突出贡献的中青年专家4人，享有政府特殊津贴的专家27人。

　　40多年来，主要在水产资源学、水产保护学、捕捞学、水产品贮藏与加工、水产养殖学、水产工程学、水产增殖学、渔业遥感以及水产生物技术等方面的研究中，做出了大量开创性的工作，取得200多项科研成果，其中国家级科技奖15项，省、部级科技奖92项。

　　2003年研究所列入国家非营利性科研机构，确定的主要研究领域是开展渔业资源调查评估与管理、远洋与极地渔业资源开发、渔业水域生态环境监测与保护、渔业信息技术、水产养殖容量和健康养殖、水产生物技术、水产品食用安全与质量监控、渔业产物资源与生物制品、负责任捕捞技术与渔业工程基础、特殊生境养殖生物学、水产标准化等研究。

   2005年，通过了中国质量体系认证中心ISO9001:2000质量管理体系认证，取得了包括海洋水产科研项目（设计、开发）、科技成果转化的质量管理系统认证证书，成为我国渔业科研系统第一个进入ISO9001质量管理体系的单位。
    2006年，经中华人民共和国人事部何全国博士后管理委员会批准，建立了"东海水产研究所博士后科研工作站"。
    2008年，经上海市学位委员会、上海市科教技教育委员会等9部门批准，我所成为"上海研究生联合培养基地"。