南京中医药大学始建于1954年10月15日，初名江苏省中医进修学校，后经江苏省中医学校扩建为南京中医学院，1995年经国家教育部批准正式更名为南京中医药大学，是全国建校最早的高等中医药院校之一，被誉为“高等中医教育的摇篮”。
学校坐落在历史悠久、山清水秀、人文荟萃的古都南京，拥有汉中门和仙林两大校区。其中，于2002年建成的仙林新校区占地1500亩，是集生态型、数字化、园林式为一体、具有传统文化氛围和时代气息的新型大学园区。
学校现设有基础医学院、第一临床医学院、第二临床医学院、药学院、经贸管理学院、护理学院、外国语学院、信息技术学院、心理学院、继续教育学院和国际教育学院（台港澳教育中心）等 11所学院；有省级教学实验示范中心建设点6个；有江苏省中医院、江苏省第二中医院、南京市中医院、苏州市中医院、无锡市中医院、常州市中医院、徐州市中医院等18所附属医院，以及中西医结合临床医学院（南京市鼓楼医院、无锡市中西医结合医院、南通市第三人民医院）3所；有教学医院17所，教学及毕业实习基地100余个，实现了万人大学的规模。学校拥有18个本科专业，涵盖医、管、理、工、经、文等多个学科门类，初步形成了以中医药为主体，中西医结合，多学科互为支撑、协调发展的办学格局。
学校同时也是世界卫生组织（ WHO）传统医学合作中心、国家卫生部确定的国际针灸培训中心、全国中医师资进修教育基地、临床药理基地、中国中医文献检索中心分中心；是国家教育部确定的国家基础学科理科人才培养与科学研究基地、首批获准接受和培养留学生及台湾地区学生的中医药高等院校之一。目前拥有中医学、中药学、中西医结合3个博士后科研流动站，21个博士点、29个硕士点，博士点覆盖中医、中药、中西医结合所有二级学科，具有博士生导师自审权和主干学科专业的教授评审权。
学校科研实力雄厚，是江苏省海洋药物研究研发开发中心、江苏省植物药深加工工程研究中心、江苏省中药质量控制技术研究中心的挂靠单位。目前拥有 3个国家级重点学科、7个国家中医药管理局重点学科、14个省部级以上重点学科、8个江苏省重点学科、1个江苏省高校国家重点学科培育建设点、1个国家科技部规范化中药药理实验室、8个国家中医药管理局三级实验室、1个国家中医药管理局二级实验室、3个江苏省重点实验室、1个省部共建教育部重点实验室和1个江苏省高技术重点实验室。
南京中医药大学自建校之初就开展外国留学生教育，在校留学生数一直位居江苏省内各高校前列。目前学校与世界五大洲90多个国家和地区有着广泛的交流，并与世界30多个国家和地区的政府、高等院校或学术团体及机构建立了友好合作关系。
面向“十一五”，我校将继续传承并进一步升华五十年办学优良传统和作风，不断坚定既定办学定位与发展目标，大力实施创新创优战略、质量立校战略、科学主体战略、科技兴校战略、人才强校战略、国际合作战略及社会服务战略，进一步深化内涵建设，着力提升办学质量，通过办学规模、结构、质量、效益协调发展，努力使我校成为具有研究教学型特质的“国际著名，国内一流”中医药大学，努力跻身全国具有特色的重点大学行列。
